1.概念不同：甲类药品是符合有关法规的基础药品范围，临床治疗上必需、应用广泛、的药物，乙类药品是指超出有关法规的基本药品范围，临床治疗上疗效更好的种类，其余不在甲类、乙类目录的药品都属于丙类。
2.报销比例不同：甲类是医保100%报销；乙类是医保部分报销、部分自费。丙类属于完全自费药品。
3.价格不同：甲类药品统一制定，其价格是比较低的，乙类的价格各地可以进行调整，比甲类所需要的价格是会更高一些;而丙类就不属于统一制定的，所以其价格水平差别较大，其中有些特效药费用会高出很多。
4.标识颜色不同：在医保目录中，甲类和乙类虽然都是OTC，但是颜色是有区别的，甲类通常会用红色来进行标识，而乙类则是由绿色来进行标识。
5.销售途径不同：甲类药品通常只会在药店来进行销售，乙类的销售渠道就会比较多，像药店、商业等被批准了的地方也能进行零售。
6.价格不同：甲类药品统一制定，其价格是比较低的;乙类的价格各地可以进行调整，比甲类所需要的价格是会更高一些;而丙类就不属于统一制定的，所以其价格水平差别较大，其中有些特效药费用会高出很多。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度,保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
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