一、使用对象不同。教育专项编制仅限于中小学教职工使用，确切地说是义务阶段教师使用，幼教老师、高职高中、大中专院校，包括教育部门的二层事业机构比如电教所、考试中心、中小学义务教育实验基地等事业人员均不能使用。
而普通事业编制属于通用编制，不论是管理、专技还是工勤岗位，均使用事业编制，区别在于供养方式是全额拨款、差额拨款还是自收自支。教育专项编制类似于专项编制，专项编制也是行政编制的一种，使用范围局限于、、、司法局等单位，享受相应的专项补贴。
幼儿园尽管属于基础教育，但由于此前被于义务教育之外，不能使用教育专项编制，下一步随着幼教的回归，预料幼儿园教师也将开始重新启用教育专项编制。
二、保障程度不同。各大中小学使用教育专项编制，在经费、编制等方面都属于当地重点保障人群，在上予以倾斜。在经费上，由财政部门单独建档立户进行专项管理，要求专项支出。在编制上，要求加大统筹配置和跨区域调整力度，通过各类专项改革挖潜调剂释放事业编制资源，优先用于补充中小学教职工使用。任何人在没有得到编制和教育部门同意的前提下，都不得违规占用、乱用教育专项编制。
三、编制底数不同。事业单位现在实行编制和机构限额管理，普通事业编制有底数，原则上只出不进，必须增加的，优先在总盘内调剂，不允许擅自扩编增编。而教育专项编制实行的是动态管理方式，编制底数根据辖区学校教育资源、中小学师生比例核算，原则上以省为单位每2-3年调整一次，市县根据生源变化情况随时调整上浮。
四、管理方式不同。普通事业编制由编制部门统筹分配，按照单位职能、岗位需求、人员配备等核定，形成方案后报省级编制部门审批，未经省级编制部门审核同意，原则上不予调整编制。编制部门对普通事业编制由绝对的话语权。
法律依据：
《中华人民共和国义务教育法》
第三十条 教师应当取得国家规定的教师资格。
国家建立统一的义务教育教师职务制度。教师职务分为初级职务、中级职务和高级职务。
《中华人民共和国教育法》
第四十六条国家机关、、企业事业组织、社会团体及其他社会组织和个人，应当依法为儿童、少年、青年学生的身心健康成长创造良好的社会环境。
第四十七条 国家鼓励企业事业组织、社会团体及其他社会组织同高等学校、中等职业学校在教学、科研、技术开发和推广等方面进行多种形式的合作。
企业事业组织、社会团体及其他社会组织和个人，可以通过适当形式，支持学校的建设，参与学校管理。
第十一条 取得教师资格应当具备的相应学历是：
（一）取得幼儿园教师资格，应当具备幼儿师范学校毕业及其以上学历；
（二）取得小学教师资格，应当具备中等师范学校毕业及其以上学历；
（三）取得初级中学教师，初级职业学校文化、专业课教师资格，应当具备高等师范专科学校或者其他大学专科毕业及其以上学历；
（四）取得高级中学教师资格和中等专业学校、技工学校、职业高中文化课、专业课教师资格，应当具备高等师范院校本科或者其他大学本科毕业及其以上学历；取得中等专业学校、技工学校和职业高中学生实习指导教师资格应当具备的学历，由教育行政部门规定；
（五）取得高等学校教师资格，应当具备研究生或者大学本科毕业学历；
（六）取得成人教育教师资格，应当按照成人教育的层次、类别，分别具备高等、中等学校毕业及其以上学历。不具备本法规定的教师资格学历的公民，申请获取教师资格，必须通过国家教 师资格考试。国家教师资格考试制度由规定。

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