棚户区改造和旧城改造是不一样的，棚户区改造，是指对城镇危旧住房、环境条件差、房屋质量不合格等，进行的征收拆迁;而城中村改造，是指对因城市的发展、而逐渐被纳入城市管理内，或是被城市包围、而形成的房屋，进行的征收拆迁。
两者的区别：
1、性质不同：
棚户区，指城市建成区仍然存在的、属于棚户区性质的区域。其范围内，既有国有土地性质的房屋，也有集体土地性质的房屋。
城中村，它的土地使用权性质为集体土地，居民户籍是农村户口。
2、性质的不同，拆迁补偿差异：
因棚户区，位于城市规划区内，因此不论是国有土地上的房屋，还是集体土地上的房屋，在实践中，往往依照国有土地上房屋征收补偿的标准，进行补偿。
城中村的建筑，大多建设在自家的宅基地上，有着完整的土地使用权和部分房屋产权。其在城中村改造项目中，其村民往往能够得到较多的补偿。方式依各地的不同，可有：产权置换、货币补偿及二者结合三种。
法律依据：
《最高人民关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》
第十二条 征收农村集体土地时涉及被征收土地上的房屋及其他不动产，土地权利人可以请求依照物权法第四十二条第二款的规定给予补偿的。
征收农村集体土地时未就被征收土地上的房屋及其他不动产进行安置补偿，补偿安置时房屋所在地已纳入城市规划区，土地权利人请求参照执行国有土地上房屋征收补偿标准的，人民一般应予支持，但应当扣除已经取得的土地补偿费。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第 为了保障、促进国民经济和社会发展等公共利益的需要，有下列情形之一，确需征收房屋的，由市、县级作出房屋征收决定：
(一)国防和外交的需要;
(二)由组织实施的能源、交通、水利等基础设施建设的需要;
(三)由组织实施的科技、教育、文化、卫生、体育、环境和资源保护、防灾减灾、文物保护、社会福利、市政公用等公共事业的需要;
(四)由组织实施的保障性安居工程建设的需要;
(五)由依照城乡规划法有关规定组织实施的对危房集中、基础设施落后等地段进行旧城区改建的需要;
(六)法律、行规规定的其他公共利益的需要。
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