员工自动离职时企业应当按照正常的工资结算方法和发放流程发给最后一期工资，并对奖金、年终奖等进行结算。若公司以员工已经离职为由拒发工资，劳动者可以向劳动监察部门投诉，也可以申请劳动争议仲裁。
自动离职，是职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。
工资是用人单位依照法律法规规定和劳动合同约定，以各种形式支付给劳动者的工资报酬。
向劳动监察投诉可以口头投诉，也可以书面投诉，需要提交本人身份证，用人单位拖欠工资的证据材料。
劳动争议仲裁是追索劳动报酬的有效途径，一般都可以最后得到解决。劳动争议仲裁由用人单位住所地或者劳动合同履行地管辖，申请劳动争议仲裁应当提交仲裁申请书和按被申请人人数提供副本，申请人身份证复印件1份;相关证据复印件和证据清单2份;部分地区还需要提供用人单位的工商登记信息。仲裁申请书应当载明下列事项：
(一)劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位、住所、通讯地址和联系电话，用人单位的名称、住所、通讯地址、联系电话和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务;
(二)仲裁请求和所根据的事实、理由;
(三)证据和证据来源，证人姓名和住所。
提交复印件的需要把原件提交仲裁委查验。
由于一些省市未经劳动监察限期支付不支持赔偿金，建议先向劳动监察投诉，限期内不支付的申请劳动争议仲裁。
法律依据根据《工资支付暂行规定》
第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
根据
第八十五条 未依法支付劳动报酬、经济补偿等的法律责任：用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
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