碳配额的分配主要采用免费分配为主，可以根据国家有关要求适时引入有偿分配。
配额分配有两种基本分配方法。既可选择通过拍卖出售配额，又可选择向参与者或其他有关主体免费发放配额。鉴于免费配额可通过三种主要方法进行分配，因此配额分配共计有四种方法（拍卖和三种免费分配）。具体如下：
一、拍卖分配配额
以拍卖方式出售配额
制定者通过一种不容易导致市场扭曲的方法，并为公共收入提供新增长点。拍卖是一种简单方便且行之有效的方式，能够使配额价高者得。拍卖方式不仅提供了灵活性，对消费者或社区的不利影响进行补偿，同时也奖励了先期减排行动者。然而，拍卖对防范碳泄漏效果甚微，且无法补偿因搁浅资产而导致的损失。
二、免费分配配额
1、基于祖父法进行免费分配
即以历史排放数据为依据向重点排放单位发放配额。使用祖父法能够补偿因搁浅资产引致的损失。在管理下游排放的碳排放权交易体系中，祖父法可成为碳排放权交易体系平稳过渡期的一种简单易行的方式。只要分配水平没有根据企业实际排放进行事后更新，祖父法便可为促进以高成本效益的方式实现减排目标提供强大动力。
通过提供针对搁浅资产风险的补偿，祖父法亦有助完成向碳排放权交易体系的平稳过渡。然而，该方法也增加了赚取暴利的可能性并且在碳泄漏防范方面的效果较弱，若与事后调节相结合，则可能导致扭曲的价格信号，且无法奖励先期减排行动者。
2、更新频率不高的固定的行业基准法
若能确保基准设计的连贯性、一致性与审慎性，使用固定的行业基准法可持续激励相关主体以高成本效益的方式实现减排目标（包括通过需求侧的减排）。此外，固定的行业基准法同样可以奖励先期减排行动者。然而，若基准值未经精心设计，可能无法实现上述优势。
同时，固定的行业基准法也是一种耗时长久和对数据要求较高的分配方法。固定的行业基准法在防范碳泄漏方面的效果可能好坏参半，且仍有赚取暴利的可能性。用于确定向重点排放单位发放免费配额额度的产量可以是历史数据，亦可是实时数据，若使用实时数据则须进行更新。
3、使用基于产出和排放强度的免费配额分配
企业层面的配额分配可基于各企业在实施碳排放权交易体系之前的排放强度，亦可基于行业的碳排放强度基准。与固定的行业基准法相同的是，部门可选择使用历史或实时数据计算企业应得的免费配额额度。使用实时数据时需定期更新，这种分配方法可有效防止碳泄漏，并奖励先期减排行动者。
然而，若使用行业碳排放强度基准，这种分配方法可能造成行政管理上的复杂性。不断激励相关主体采取高成本效益方式实现减排目标，这需要以审慎的连贯一致的基准设计为前提，需要保护需求侧减排的动力，且当免费配额分配水平整体较高时，部门需将配额控制在总量控制目标范围内。
法律依据
《碳排放权交易管理办法（试行）》
第十五条　碳排放配额分配以免费分配为主，可以根据国家有关要求适时引入有偿分配
第十七条　重点排放单位应当在全国碳排放权注册登记系统开立账户，进行相关业务操作。
第十　重点排放单位发生合并、分立等情形需要变更单位名称、碳排放配额等事项的，应当报经所在地省级生态环境主管部门审核后，向全国碳排放权注册登记机构申请变更登记。全国碳排放权注册登记机构应当通过全国碳排放权注册登记系统进行变更登记，并向社会公开。

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