员额编制会被辞退，但不会随便开除，辞退都必须有充足的原因。
有下列情形之一的，予以辞退：
(一)在年度考核中，连续两年被确定为不称职的;
(二)不胜任现职工作，又不接受其他安排的;
(三)因所在机关调整、撤销、合并或者缩减编制员额需要调整工作，本人拒绝合理安排的;
(四)不履行公务员义务，不遵守公务员纪律，经教育仍无转变，不适合继续在机关工作，又不宜给予开除处分的;
(五)旷工或者因公外出、请假期满无正当理由逾期不归连续超过十五天，或者一年内累计超过三十天的。 员额编制属于相关主管部门统筹规划下进行统一招聘，机构编制部门负责核定，为当地直属或下属单位部门的工作人员，其工资福利、装备配置、教育培训以及日常管理等所需经费列入本级财政预算予以保障，被聘用人员与具体用人单位直接签订聘用合同。随着国家改革，大部分事业单位（以高校和国有医院为主）改为合同聘用制。
法律依据： 《中华人民共和国公职人员政务处分法》第十五条 公职人员有两个以上违法行为的，应当分别确定政务处分。应当给予两种以上政务处分的，执行其中最重的政务处分；应当给予撤职以下多个相同政务处分的，可以在一个政务处分期以上、多个政务处分期之和以下确定政务处分期，但是最长不得超过四十八个月。
第十六条 对公职人员的同一违法行为，监察机关和公职人员任免机关、单位不得重复给予政务处分和处分。
第十七条 公职人员有违法行为，有关机关依照规定给予组织处理的，监察机关可以同时给予政务处分。
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