在不同的地方，合作医疗的报销金额有所不同。根据《诸暨市农村合作医疗制度暂行办法》，该办法主要针对参加农村合作医疗保险人员在结算年度内住院期间的医疗费用及特殊病种的门诊费用进行补偿。药品、诊疗项目、医疗服务设施的范围及支付标准参照《诸暨市城镇职工基本医疗保险办法》的相关规定。以下费用不纳入报销范围：违法乱纪、犯罪、酗酒、打架斗殴、自残自杀、交通事故、工伤、妇女生育、自购药品、家庭病床等。
住院当天及住院期间的所有医疗费用均可报销。出院后如需继续巩固治疗，出院时当天带药不超过15天量。出院后的门诊（复诊）费用（除特殊病种门诊外）不在报销范围内。住院床位支付标准为每天最高不超过25元。某些营养制剂如人血白蛋白、脂肪乳剂需事先审批后方可使用，且需提供肝功能报告单。新药、进口药等未作特别规定。特殊材料如骨科用的钢板，金额超过10000元需填写特殊材料申请单。中药采取定额报销，门诊每帖10元并附费用清单（特殊病种门诊），住院每帖12元。
对于转院，医护人员需准确填写姓名并如实填写病史。如因病情需要转往市外就医，需出具转院证明并盖章，凭证明和有关材料到诸暨市农村合作医疗办公室核准。一般只转入省定点医院，每次转外地就医只可选定一家医院。合医人员在本市及省级定点医院以外医疗机构诊治的，按符合支付范围医疗费用的80%计算报销基数。
特殊病种门诊的医疗费用包括恶性肿瘤门诊放化疗、尿毒症门诊肾透析、器官移植后门诊抗排斥治疗、慢性再生障碍性贫血、系统性红斑狼疮（伴有心、肺、肝、肾及神经系统并发症之一者）、肝硬化失代偿期、精神症。报销标准采用起付线、超过起付线部分分段支付、最高限额封顶的办法。每人每年累计最高给付限额为15000元。具体标准为：1、500元及以下不予报销；2、501元至5000元部分报销20%；3、5001元至10000元部分报销30%；4、10001元至20000元部分报销40%；5、20001元以上部分报销50%。在一个结算年度内有效住院费用达到40000元以上，并且由于大病导致家庭生活特别困难者，还可申请大病救助。
病人出院时，需开具住院及住院期间病人费用汇总清单，并随带病历、本人身份证、合作医疗证、转院证明（如有）以及各种跌伤、撞伤还需村（或学校）证明。一般每月5日、15日、25日报销，如有特殊也可随时报销。特殊病种门诊报销时，除以上材料外，医院需出具医疗证明单。全年可多次报销，累加支付，请医护人员做好医疗报销解释工作。
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