小瓜虫病，又称白点病，是锦鲤常见的寄生虫疾病之一。初期，锦鲤身上会出现小白点，随后迅速蔓延至全身，如同覆盖了一层白色薄膜。此病由小瓜虫引起，适宜生长的水温为15～25℃，当水温低于10℃或超过28℃时，小瓜虫的繁殖会停止。
一旦发现锦鲤患有白点病，应首先将水温提升2～4℃，通过突然升温促使小瓜虫死亡。若水温高于27℃，则可以使用0.05ppm的孔雀石绿溶液或2ppm的亚甲基蓝溶液进行药浴，连续几天治疗直至病情好转。
锚头蚤病同样威胁着锦鲤的健康。病鱼表现出焦躁不安，食欲减退，体色变淡。雌虫头部钻入宿主肌肉，引发肌肉损伤与溃疡，严重时导致无法进食而死亡。锚头蚤主要在水温15℃左右时繁殖，春季和秋季尤为活跃。
针对锚头蚤病，可以使用镊子直接拔除虫体，并用红药水涂抹伤口。将鱼放入清洁的鱼盆中，用0.2ppm的敌百虫溶液或3%的食盐浸泡30分钟左右，有助于彻底清除。
鱼虱病是另一种常见的锦鲤寄生虫疾病。感染鱼虱后，锦鲤会焦躁不安，奋力挣扎，急游或擦底。鱼虱寄生于锦鲤的腹部或鳍根，其寄生部位的鱼鳞会立起或发红。治疗时，需用镊子拔除鱼虱，然后放入清洁的鱼盆中，用0.2ppm的敌百虫溶液浸泡30分钟左右。
车轮虫病同样对锦鲤构成威胁。病鱼会做出擦底和缩起鱼鳍的动作，鳃部被侵袭后喜欢在水面或池边游动。此病主要破坏鳃组织，影响鱼的呼吸功能，严重时可致死。有时，车轮虫会利用其环形齿钩，从其他原因引起的皮肤增厚处钻入鱼皮粘膜层。
治疗车轮虫病的方法包括：将锦鲤放入含有2%食盐的溶液中浸泡10分钟，每天一次。同时，用0.2ppm的敌百虫溶液浸泡病鱼1小时左右，每天一次，直至病情缓解。
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