根据中华人民共和国农民专业合作社法第十三条的规定，设立农机合作社需向工商行政管理部门提交包括登记申请书、设立大会纪要、章程、法定代表人任职文件及身份证明、出资成员出资清单、住所使用证明在内的文件。登记机关自受理申请之日起二十日内完成登记，颁发营业执照。合作社登记事项变更时，需申请变更登记。合作社登记办法由规定，登记过程不收费。
在县、区级工商行政管理部门办理登记后，落实扶持至关重要。首先，协调相关部门确保农机合作社享受多项税收减免，如农机免收道路通行费、农技推广和维修服务免征所得税，以及免除登记及审检费等。此外，农机更新补贴、性保险和作业补贴等均需向农机合作社倾斜。
其次，农机购置补贴资金应优先支持农机合作社，不受数量，优先补贴，实行多购多补。对财政有累加补贴额度且指标有限的热门补贴机具，如插秧机、半喂入联合收割机和大中型拖拉机，应优先满足合作社需求。各级农机主管部门应支持合作社承担农业机械化发展项目，将其作为实施各类农机财政专项和基本建设、科技研究推广项目的重要主体。
此外，加强与当地财政部门沟通，争取对合作社基础设施建设的支持，如机具存放库棚、维修车间等建设项目立项，多渠道争取建设资金。协调金融机构为合作社提供便捷贷款支持，包括贷款担保形式，以促进其发展。争取安排农机作业用油补贴资金，用于合作社从事机耕、机插、机收及抗旱排涝作业用油补助。
这些措施将有助于提升农机合作社的服务能力和经济实力，推动农业机械化和现代化进程。
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