自由贸易对中国的正面和负面影响显著，其中关税降低会冲击国内产业，扩大与东盟国家间的贸易逆差。中国与东盟多数国家的经济结构以劳动密集型产业为主，出口商品具有较高重合度。自贸区启动后，关税的降低不仅加剧了中国与东盟同类产业与商品的竞争，还导致东盟优势产品大量涌入中国市场，冲击中国国内缺乏竞争力的产业。例如，中泰关于荔枝、龙眼、芒果等热带水果的零关税贸易安排，对中国南方水果种植户造成了巨大压力。
此外，自1993年起，中国对东盟已连续11年保持贸易逆差，若长期维持这一状况，将对中国和东盟的贸易平衡及中国经济带来不利影响。关税与非关税保护措施的降低，将进一步扩大中国从东盟的进口，加剧贸易逆差，给中国带来压力。
自由贸易还对中国的服务业造成冲击。由于我国在金融、通讯和专业服务等领域不具备比较优势，东盟部分国家如新加坡在这些领域具有较强的竞争力。中国和东盟启动自贸区后，将对这些行业放开，东盟企业将进入中国市场，与国内相关行业产生竞争，对国内服务业造成冲击。
投资替代作用可能导致东盟对中国投资的缩减，竞争加剧可能导致中国企业难以在东盟投资。自由贸易区的贸易创造效应将产生贸易对投资的替代作用。例如，一些东盟企业之所以选择在中国投资，是因为存在关税和非关税壁垒。随着自由贸易区的建立，这些壁垒降低，企业无需再将工厂搬到中国，只需增加对中国的出口即可。这可能造成东盟对中国投资的缩减。
同时，欧美日等国一直是东盟的主要出口和投资国，其公司基本上垄断了东南亚的经济。如印尼、马来西亚、文莱等国家的石油和天然气开发加工，主要由英国、荷兰、美国的石油公司垄断，日本企业控制了东盟各国的家用电子电器产品的生产和销售。在中-东自贸区的压力下，这些公司正进一步调整生产布局，以享受互惠。面对区外众多强势竞争对手，我国企业的竞争力较弱，竞争加剧可能导致中国企业更难以进入东盟市场。
东盟经济波动也可能对中国产生不利影响。中-东自贸区启动后，双方经济关系将更加紧密，依赖程度加深。尽管目前东盟经济有所好转，但仍有诸多变数。一旦东盟经济出现波动，将对中国相关部门产生冲击，对中国经济造成不利影响。
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