百合的花程式揭示了其花结构的复杂性。百合花为整齐花，花被分为两轮，每轮各有三片，雄蕊群共六枚，排列成两轮，各为三枚。雌蕊群由三个心皮组成，合生，形成上位子房，子房分为三室。百合的花色丰富，包括红、黄、白、绿等，但开花后很少结出果实，蒴果呈球形，内含约240粒扁平有翅的种子，千粒重约为3.14克。百合的香气比较淡雅，通常被描述为清香。
牡丹的花器构造多样，其花为两性花，包含雄蕊和雌蕊，由花萼、花苞、花瓣、雄蕊和雌蕊组成。花萼、花苞通常为五片，花瓣数量因品种而异，从十数片到上百片不等，雄蕊数量也从三十余个到数百个不等。雌蕊数量则从五个到十个左右不等。一些品种的雄蕊部分或全部演变成类似花瓣的结构，但仍保留着雄蕊的痕迹。雌蕊也有可能演变成绿色或红绿相间的“彩瓣”，失去了生殖功能。
牡丹的花期因其栽培地区和春季气温变化而有所不同。花朵的发育过程可分为初开、盛开和谢花三个阶段。初开时花瓣微微张开，雄蕊开始散粉，花瓣完全张开标志着进入盛开期，此时花径最大，散发香味，雄蕊干枯花粉散尽，柱头上分泌大量黏液。谢花期是指花瓣凋萎脱落的过程，单瓣类一般从第五天开始，重瓣类则从第七至第九天开始。
牡丹的授粉生物学研究表明，其花大色艳，气味浓烈，是典型的虫媒花。主要传粉昆虫以甲虫类和蜂类为主，蝇类为辅。昆虫的活动受天气影响，温度上升时活动加强，午后达到高峰，阴雨天活动减少。不同种类的牡丹传粉媒介也有所不同，紫斑牡丹主要以甲虫传粉，而矮牡丹则甲虫和野蜂出现频率相近。
牡丹的雄蕊通常先于雌蕊成熟。按雌雄蕊成熟期的先后，牡丹品种可分为两种类型：第一类为雄先型，即花开后雄蕊随即散粉，雌蕊成熟滞后，花粉散落后第二天柱头分泌黏液；第二类是雌雄同熟型，即雄蕊散粉的同时柱头也开始分泌黏液。总体而言，二者隔离并不完全，仍然存在自交的可能性。
牡丹以异花授粉为主，但自交结实率较低。紫斑牡丹栽培品种的自交结实率约为2%至18%，远低于自然授粉结实率。然而，中原牡丹品种的白花及同品种内异花授粉完全不育。这些结果提示，随着品种园艺化程度的提高，自交亲和性可能有所下降，但这一趋势还需进一步研究。
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