黄蜡石和天然翡翠中的黄色翡翠（黄翡）在色彩、质地和硬度上极为相似，以至于初入市场的黄蜡石常被误认为是黄翡。一些不专业的检测部门也曾错误地将黄蜡石鉴定为黄翡。
为了准确区分这两种石头，我们可以通过观察它们的矿物颗粒度、密度、折光率、抛光面纹理以及高倍放大镜下褐铁矿分布特征等多方面差异来进行鉴别。
从矿物颗粒度和抛光面纹理的角度来看，黄蜡石的成分主要是蛋白石或玉髓，其矿物颗粒度通常小于0.01毫米，肉眼难以察觉。而黄翡主要由钠铝辉石构成，矿物颗粒度大于0.01毫米，肉眼可见结晶颗粒和颗粒解理面显现的光性（即翠性或翡性）。因此，高品质的黄蜡石在抛光面上没有翠性，没有微波纹，而黄翡则具有翠性，呈现出微波纹。
通过手掂重量来区分黄蜡石和黄翡，我们发现黄蜡石的密度为2.60，而黄翡的密度为3.33。这意味着同样大小的两件物品，黄蜡石会显得更轻。
在测量折光率方面，黄蜡石的折光率为1.54，而黄翡的折光率为1.66。这种折光率上的差异导致黄蜡石的光泽和光性特征明显弱于黄翡。
使用高倍放大镜观察褐铁矿分布特征时，黄蜡石中的黄褐色胶体状褐铁矿均匀分布在非晶质的蛋白石或隐晶质的玉髓内部，不显示出网状分布的特征。相反，黄翡中的黄褐色胶体状褐铁矿填充在细粒的钠铝辉石晶体间隙中，显示出网状分布。
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