明朝时期的官职体系中，总旗和小旗的职位等级相对较低，分别对应正七品和从七品。作为明朝特殊机构的锦衣卫，其人员编制在早期是严格控制的，每个卫所的人数限定为5600人，其中包括1120人的千户所和112人的百户所。在锦衣卫内部的管理结构中，小旗负责管理十个人，总旗则管辖五个小旗，百户管理两个总旗，而千户则统帅十个百户。然而，到了明朝中后期，锦衣卫的人数不再受，人数激增至6万至10万人，这导致了总旗、百户和千户所管辖人数的混乱。
总旗在明代中扮演着基层指挥者的角色，通常管理五十人，而小旗则负责十人。这种编制也影响了清代的屯军体系，他们沿用了"百户"和"总旗"的称呼，尽管在清朝，这些职务的职责和人数可能有所调整。总的来说，明朝总旗虽然官职不高，但在特定时期和机构中，其角色和影响不可忽视。
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