跨境电商综合税和行邮税清关在国家扶持下，都属于正规阳光化的清关方式，但两者在具体操作和适用范围上存在显著差异。
行邮税，即行李和邮递物品进口税，是对入境行李和个人邮递物品征收的进口税，涵盖了进口环节的和消费税，是针对个人非贸易性入境物品征收的进口关税和进口工商税收的总称。其课税对象包括入境旅客、运输工具、服务人员携带的应税行李物品、个人邮递物品、馈赠物品以及以其他方式入境的个人物品等。
跨境电商综合税主要针对跨境电商平台，要求企业在国内成立公司，完成海关和商检备案，并提供真实有效的三单信息（物流、订单、支付信息）以及主运单信息。即便放宽了税改前的试点操作模式，BC直邮依然按综合税征收，无包裹免税额度。税率因商品HS编码不同而各异，需要根据不同税率分货以控制成本。BC商品进口有局限性，部分大众商品被列入负面清单，因此即使放宽了跨境BC直邮要求，仍需分货至其他直邮渠道。
个人物品行邮税清关则适合所有有海外商家的情况，操作流程简单，无需繁琐的企业备案和三单信息，仅需提供身份证正反复印件和真实的购物小票。税改后税率分为三档，保留50元税金免税额度，税金计算简单，可控度高，商品税率分明，无具体商品（除违禁品外），进口商品基本能满足消费者需求。
对个人物品行邮税的支持力度远高于其他正规清关方式，通关时效稳定，操作流程因海关认可未作大幅更改，稳定性相对其他正规渠道较高。2016年6月1日的新快件系统旨在规范保护这一渠道，提高通关效率，为企业服务。新快件系统装机后，日处理量可达十几万包裹/天，比现行系统更智能化、信息化。
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