水产养殖中，em菌液是一种广泛使用的生物制剂，它主要由光合细菌、硝化细菌、乳酸菌、双歧杆菌、芽孢杆菌等多种有益菌群组成。在鱼塘处理阶段，em菌液可以替代石灰、漂白粉等化学物质进行消毒和净化，使用时需将em菌液稀释100至300倍，均匀喷洒于鱼塘表面，每平方米使用0.5至1公斤的稀释液。对于水质净化，可在放养前3至10天内，将em菌液泼洒于水面，一亩池塘按一米水深使用1至2公斤，根据水质情况，首次使用后每15天施用一次，后续可根据水质变化调整频率。
em菌液在水产养殖中的主要效果包括净化水质，促进残饵及漂浮有机物的分解，降低氨氮、亚盐、硫等有害物质的浓度，增加水中溶解氧，促进浮游生物的生长。它还能加速粪便、垃圾、污泥的发酵分解，降低环境污染，迅速净化池底淤泥，平衡pH值，减少水产动物的应激反应，创造健康养殖环境，迅速稳定水色，培育有益菌与有益藻类，尤其对因有机质过剩而引起的黑水、浑浊水、红水等现象有明显改善效果。
此外，em菌液还能有效降低BOD、COD及TSS含量，提高沉淀池内固体沉降能力，改良水质，促进残饵及其它飘浮有机物的分解，降解氨氮、亚盐、硫化氢等有害物质，增加水中溶解氧，促进水体中有益浮游生物的生长，调节养殖池微生物生态结构。em菌液还能有效减少剩余淤泥产生量，减少化学药品的使用，节省电力。它还能减轻或消除臭味，抑制菌繁殖，减少蚊蝇，增强水产动物免疫功能，预防病害，增进健康，降低发病率及死亡率。
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