科研项目涵盖多个领域，包括数学机械化、高性能科学计算理论及软件设计新概念、长江和黄河流域水资源演化规律、主要淡水湖泊的富营养化问题、恶性肿瘤、心脑血管疾病和老年病等重大疾病的发病机理研究。我国在高性能计算机、第三代移动通信、高速信息网络、深海机器人、工业机器人、天地观测系统、海洋观测与探测、新一代核反应堆、超级杂交水稻、抗虫棉、基因工程等领域已在全球范围内占据一席之地。同时，我国也重视高技术集成创新和培育战略性新兴产业，如生物工程药物、通信设备、高性能计算机、中文信息处理平台、人工晶体、光电子材料与器件等。
科研项目的目标分为两类：一类是经验问题，主要关注经验事实与理论的相容性，即经验事实对理论的支持或证伪，以及理论对观察的渗透，理论预测新实验事实的能力等问题。另一类是概念问题，主要关注理论本身的自洽性、洞察力、精确度、统一性以及与其他理论的相容程度和理论竞争等问题。科学研究旨在提供一个对自然界进行统一理解的解释性范式或模型，即“自然秩序理想”。这一理想使得分散的经验事实能够相互联系，构成理论体系的基本公理和原则，成为整个科学理论的基础和核心。
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