1、试剂准备区：用于配制、分装和保存扩增试剂。试剂以及用于制作标本的材料要直接运送到该区域，不能经过其他区域。
2、样品制备区：实验室样品的混样以及测试样品的制备：如临床标本的保存、核酸的提取和贮存及其加入到扩增反应管和测定RNA时cDNA的合成。在使用前要对所用的器具进行彻底清洗并消毒，防止交叉污染。在进行加样操作时也有发生气溶胶污染的风险，所以应尽量避免在本区内进行不必要的走动。
3、扩增区：PCR扩增反应体系的配制和模板的加入（该区域主要进行的操作为DNA或cDNA扩增）。为避免气溶胶从本区漏出，该工作区域为负压，可安装排风系统。加样要在超净工作台内进行，超净工作台的气流方向以选择垂流式为宜。
4、扩增产物分析区：该区域主要进行扩增产物的测定，为避免扩增产物从本区扩散到其它区域，该工作区为负压，应安装排风系统。如果使用全自动封闭分析仪器检测，也可以不设置该区域。
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