音域不同、音色不同、气息运用不同。
1、音域不同：笛子比较宽，音量高，甚至可达两个八度，而巴乌音域较窄一些，音量小，7和4的音是半音尤其是4，发不出整音、标准音。
2、音色不同：笛子一般高亢、嘹亮、激越、清脆。巴乌的音色则轻扬、飘逸、柔和、绵长、优雅，常用来演奏民族情歌，像“竹楼情歌”、“傣乡情歌”、“哈尼情歌”、“花楼恋歌”等。
3、气息不同：笛子一般要稍用力吹，尤其是高音部要强吹，气流要强而有力，即相对于低音的演奏要更用力；而巴乌（葫芦丝）则恰恰相反，高音轻，气流弱；低音重，气流强。越是吹高音气流就越弱，特别是高音5和6的吹奏，只需较轻缓的气流即可。
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