作用不同、分类不同、气流方向不同、过滤效率不同。1、作用不同：生物安全柜是防止实验操作处理过程中含有危险性和未知性生物微粒发生气溶胶散逸的箱型空气净化负压安全装置，超净工作台是将过滤后的空气以垂直和水平气流的状态送出，保证生产对环境洁净度的要求。
2、分类不同：生物安全柜分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ级，适用于不同生物安全等级媒质的操作，超净工作台分为水平层流和垂直层流两类。
3、气流方向不同：生物安全柜采用上进下出的气流设计，超净工作台采用水平气流设计。
4、过滤效率不同：生物安全柜的过滤器主要针对有害生物因子，超净工作台的过滤器主要针对尘埃粒子。
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