区别是：专业不同、主要课程不同、就业方向不同。
1、专业不同：机电一体化是由计算机技术、信息技术、机械技术、控制技术、光学技术等相融合构成的一门的交叉学科，而电气自动化专业培养的学生要具备电工技术、电子技术、控制理论、信息处理、系统工程、计算机技术与应用和网络技术等专业。
2、主要课程不同：机电一体化专业主要开设《电机及其应用》、《工厂电气控制设备及其应用》、《单片机控制技术应用》、《电力电子与电机调速技术应用》等核心课程，而电气自动化专业开设高等数学、线性代数、概率统计、工程数学、大学物理、现代工程制图、计算机基础及C程序设计语言实验等课程。
3、就业方向不同：机电一体化专业，可从事机电一体化液体灌装生产线及商品包装自动化机械运行、维护、管理、技术改造等工作的机电一体化高等，而电气自动化专业，主要从事与电气工程有关的系统运行、自动控制、电力电子技术、信息处理等工作。
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