水质稳定剂不建议和硝化细菌同时使用。水质稳定剂和硝化细菌不能同时加，因为硝化细菌和水质稳定剂的作用完全不同。水质稳定剂主要是依靠絮凝作用在很短的时间内，将悬浮颗粒吸附形成较大的颗粒而沉淀，然后由水泵将其抽到过滤器中，达到净化水质的作用。硝化细菌的作用是将水中有毒的氨氮清除掉，一般使用硝化细菌的水质可能不是很干净，但是鱼却不会因为氨中毒而患病或死亡。
硝化细菌广泛存在于自然环境中，它的存活需要水分及氧气，只有同时满足水分与氧气才能存活。一般硝化细菌在泥土、沙粒、生化棉、生化球、玻璃环、陶瓷环等各种有微孔的滤材中都可以大量繁殖，它适宜在弱碱性的水中生活，温度达到25°C左右时生长繁殖最快。
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