双学位与第二学士学位在报考条件、审批权限、发证及毕业待遇上存在显著区别。双学位主要面向全日制在校本科学生，允许跨专业学习第二学位课程，而第二学士学位则主要针对获得学士学位的在职人员和部分应届毕业生，报考需经单位批准并参加入学考试。在修业年限上，第二学士学位一般为两年，某些专业如中医学为三年，相比之下，双学位修业年限更为灵活。在审批权限上，双学位由学校自主决定，而第二学士学位需经教育部审批，仅获得教育部批准设置该专业的高校才有权颁发第二学士学位证书。双学位毕业证上会注明两个专业名称，学位证上会注明两个学位名称，而第二学士学位则会分别颁发毕业证书和学位证书。在毕业待遇上，国家对双学位毕业生没有明确规定，但对第二学士学位毕业生则有明确条款，即获得第二学士学位者，毕业后起点工资与研究生班毕业生工资待遇相同。
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