图谱理论和化学图论的区别有目的不同，依据不同和应用方面不同。
1、目的不同：图谱理论主要研究分子的结构和性质，旨在通过分析分子结构来预测它们的性质和反应行为，特别是从计算机的角度出发，将分子结构转换成图论中的图。
2、依据不同：图谱理论依据量子力学原理研究分子结构和性质，主要靠数学方法进行研究和推断。而化学图论则主要以实验数据为基础，通过在化学反应中做出的实验，进行数据分析，然后再基于数据推出反应机理和反应物的结构。
3、应用方面不同：图谱理论主要应用于药物设计、材料科学和环境化学等领域，而化学图论则应用于化学反应机理和化学反应过程的分析。
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