用imagej测量两个图片重合区域大小方法如下：
1、打开第一张图片和第二张图片：在ImageJ菜单栏中选择FileOpen，选择第一张图片和第二张图片。
2、创建一个ROI：在工具栏中选择矩形选择工具，用鼠标在第一张图片上选择重合区域，在选择完毕后，按下Ctrl+T键创建一个ROI。
3、将ROI复制到第二张图片：在第一张图片上选择ROI后，按下Ctrl+C键将ROI复制到剪贴板中，然后切换到第二张图片，按下Ctrl+V键将ROI粘贴到第二张图片上。
4、测量重合区域大小：在第二张图片上选择ROI后，在ImageJ菜单栏中选择AnalyzeMeasure，将会弹出一个包含ROI面积的测量结果窗口。
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