两者的区别主要在这几个方面:
1.支付不同类型的保险。职工缴纳五种社会保险:基本养老保险、基本医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险；灵活就业社保缴纳两种保险:基本养老保险和基本医疗保险。北京、南京、哈尔滨也可以缴纳失业保险。
2.社会保障福利的差异。职工社会保障包括生育保险。职工生育后可享受生育费用报销和生育津贴；灵活就业社会保障不包括生育保险，生育的不能享受生育报销等待遇。
3.不同退休年龄，女性参加灵活就业的退休年龄为55岁，而员工社保的退休年龄则根据其身份确定。女职工50岁，女干部55岁。无论男性参加灵活就业社保还是职工社保，退休年龄都是60岁。延迟退休出台后，我们会结合起来。
4.缴费基数和比例不同。职工五项社会保险由企业和职工共同缴纳，缴费基数来源于职工本人工资。
拓展资料：
一、养老保险企业承担8%的养老保险(部分城市不足16%)；医疗保险企业和个人的缴费比例因城市比例不同而不同，个人费用由企业从其本人工资中扣除代扣；个人缴纳的养老保险8%转入个人账户，医疗保险个人账户按年龄和比例转移。灵活就业社会保障保险是自愿缴费，由户籍所在地的公共服务人员办理。养老保险缴费基数可在当地社会水平的60% - 300%之间选择，养老保险统一按20%的比例缴纳；医疗保险一般按固定基数和比例缴纳，全部由个人承担，其中养老保险缴费的8%转入个人账户，医疗保险按年龄和比例转入个人医疗保险账户。
二、社会保险是指一种为丧失劳动能力、暂时失去劳动岗位或因健康原因造成损失的人口提供收入或补偿的一种社会和经济制度。社会保险的主要项目包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险。
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