如果是基本医疗保险的话，那和农村合作医疗就是有冲突的，参保人员无法同时享受这两项待遇。而若是商业医疗保险的话，那和农村合作医疗就是没有冲突的，虽然都提供的是医疗保障，但一个是商业保险，一个属于社保的范畴，所以并不会产生冲突。
基本医疗保险是为补偿劳动者因疾病风险造成的经济损失而建立的一项社会保险制度。通过用人单位和个人缴费，建立医疗保险基金，参保人员患病就诊发生医疗费用后，由医疗保险经办机构给予一定的经济补偿，以避免或减轻劳动者因患病、治疗等所带来的经济风险。

基本医疗保险是社会保险制度中最重要的险种之一，它与基本养老保险、工伤保险、失业保险、生育保险等共同构成现代社会保险制度。
劳动和社会保障部《关于贯彻两个条例扩大社会保障覆盖范围加强基金征缴工作的通知》（劳社部发〔1999〕10号）规定，农民合同制职工参加单位所在地的社会保险，社会保险经办机构为职工建立基本医疗保险个人账户。农民合同制职工在终止或解除劳动合同后，社会保险经办机构可以将基本医疗保险个人账户储存额一次性发给本人。

商业医疗保险：商业医疗保险是医疗保障体系的组成部分，是单位和个人自愿参加的，对被保人治疗疾病产生的合理必要的医疗费用损失进行补偿的险种，一般分门诊医疗保险与住院医疗保险。
商业医疗保险是医疗保障体系的组成部分，单位和个人自愿参加。国家鼓励用人单位和个人参加商业医疗保险。
是指由保险公司经营的，营利性的医疗保障。消费者依一定数额交纳保险金，遇到重大疾病时，可以从保险公司获得一定数额的医疗费用。
区别社保

首先，两者属性不同。商业医疗保险是人寿保险公司运用经济补偿手段经营的一种险种，是社会经济活动的一个方面，是由保险人与投保人双方按照自愿原则签订合同来实现的，人寿保险公司可以从中赢利，而社会医疗保险是国家根据规定，为保护和增进职工身体健康而设立的一种社会保障制度，是国家或地方通过立法强制执行的，不取决于个人意志，同时作为一种社会福利事业具有非盈利性质。

其次，保险对象和作用不同。商业医疗保险以自然人为保险对象，其作用在于当投保的公民因意外伤害或疾病而支出医疗费用时，可获得一定的经济补偿以减轻损失，而不是为了保障被保险人的基本生活，也不具有维护社会公平的作用。
社会医疗保险主要以劳动者为保险对象，当劳动者因患病就医而支出医疗费用时，由社会保险部门或其委托单位给予基本补偿，有利于社会安定和维护社会公平，实际上是国民收入再分配的一个方面。

再次，两者权利与义务对等关系不同。商业医疗保险的权利与义务是建立在合同关系上，任何一个有完全行为能力的公民或法人。
只要与保险公司自愿签订保险合同并按合同规定缴纳了保险费，其本人或成员就能获得相应的保险金给付的请求权，保险金额的多少取决于所缴保险费数额的多少，即保险公司与投保人之间的权利与义务关系是一种等价交换的对等关系，表现为多投多保，少投少保，不投不保。
而社会医疗保险的权利与义务关系建立在劳动关系上，只要劳动者履行了为社会劳动的义务，就可以享受社会医疗保险待遇，有时为了便于用经济手段进行管理，增强劳动者的费用意识，要求缴少量保险费，但他们所领取的保险给付金与所缴纳的保险费数额并不成正比例关系，即权利与义务关系并不对等。

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