农业银行的银行卡在余额不足时，不会自动扣费导致账户被取消。如果账户长期未使用，且余额为零，且没有开通其他服务如网上银行，通常在两年后会进入休眠状态，这时卡片将无法使用。此时，用户需要到柜台激活，若在三年内未处理，银行会自动注销卡片，但前提是需要先支付之前欠的费用。如果卡内有余额，是不会被注销的，仅需关闭相关服务后方可注销。
每年农行卡会收取10元的年费，两年下来大约是44元。在丢弃卡片前，建议将其剪碎以保护个人信息安全。值得注意的是，即使不缴纳年费，不会对个人征信产生影响，但银行会要求在注销前补缴欠费。关于年费的，自2017年起，部分基础服务收费已被暂停，根据《商业银行服务价格管理办法》和《商业银行服务指导价定价目录的通知》，客户可以申请一个免费账户，避免年费和管理费的收取。
总之，农业银行的银行卡在余额不足时不会扣费，但在长期未使用且未处理的情况下，可能需要额外费用或操作来维持账户的正常使用。记得妥善管理个人信息，遵循相关规定以避免不必要的费用。
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