结论：在合同签订过程中，合同条款并不强制与招标文件完全一致，但双方协商一致的变更需要通过正式签字盖章确认，以避免纠纷。招标文件主要作为邀约邀请，投标文件和中标通知书则代表了合同的要约和承诺阶段。一旦签订的合同生效，其条款将具有最高法律效力。若招标文件中对特定内容有要求，应将其纳入合同条款。
具体来说，《中华人民共和国合同法》允许对合同进行变更，但涉及法律或行规规定的批准、登记程序时，需要遵循相关规定。例如，《招标投标法》规定中标通知书发出后三十日内，招标人和中标人应签订书面合同，不得背离中标文件实质性内容。在建设工程中，备案的中标合同被视为结算依据，即使与合同有所差异，也必须以备案为准。
然而，法律并未明确界定合同的"实质性内容"，这给双方在修改条款时留有一定的空间。尽管如此，任何变更都应谨慎处理，确保不违反法律法规。总的来说，合同条款和招标文件的关系在于，合同是最终的法律依据，只要不违反法律原则，两者可以有所差异，但必须明确并以书面形式固定下来。
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