当涉及非同一控制下的企业合并时，发行股票的费用处理方式是计入当期损益。这是指这些费用直接与企业的当前利润或亏损相关，通常在会计科目表中的损益类科目中反映，并会在月底结转至本年利润账户。根据《关于印发企业会计准则解释第4号的通知》的解释，购买方在合并过程中支付的审计、法律服务、评估咨询等中介费用以及相关管理费用，应当在费用发生时直接计入当期损益。而发行权益性证券或债务性证券的交易费用，则应被计入这些证券的初始确认金额。
值得注意的是，在2010年发布的《企业会计准则讲解（2010）》中，对非同一控制下控股合并的初始投资成本计算进行了调整，明确了购买方的费用处理方式。尽管2014年修订的《企业会计准则第2号——长期股权投资》第五条保留了这一规定，但与企业合并准则的同步调整没有完全到位，形成了一些理论上的矛盾。总体而言，当涉及此类企业合并时，费用的会计处理应遵循上述准则。
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