在事业单位中，对于正式职工长时间未上班的情况，根据《事业单位人事管理条例》的规定，如果该员工连续旷工超过15个工作日，或者1年内累计旷工超过30个工作日，事业单位有权解除与其的聘用合同。这种情况并不需要仅仅通过科室领导短信通知来认定，旷工的认定需要履行正式的请假手续，否则将被视为旷工行为。若员工旷工时间已超过半年，显然已符合上述法规的解除条件。
聘用合同的条款中也对此有所涉及，如初次就业的员工，试用期为12个月，而连续工作满10年且接近退休年龄的员工，如果提出签订至退休的合同，应该得到尊重。然而，当年度考核连续不合格且不同意调整岗位，或者连续两年年度考核不合格时，事业单位在提前30日通知后可解除合同。员工也可以提前30日书面通知解除合同，除非双方有其他约定。受到开除处分的员工，聘用合同将直接解除，人事关系随之终止。
总之，事业单位正式职工旷工半年以上，若未履行正常请假程序，通常会面临解除聘用合同的可能，具体规定会依据单位内部规定或地方管理办法执行。终止聘用合同后，人事关系自然结束。以上信息来源于《事业单位人事管理条例》的相关条款。
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