事业单位合同制工人与企业合同制工人的主要区别在于工资和福利待遇以及用工方式。事业单位合同制工人通常依据档案工资领取薪酬，其福利待遇则遵循国家规定的标准；相反，企业合同制工人的工资更为灵活，由企业自行决定，档案工资仅在退休时发挥作用。企业合同工的招聘通常遵循国家劳动工资计划，实行公开招收、自愿报名、全面考核并择优录用的原则，属于常年性工作岗位上的劳动合同制。
在合同形式上，企业、事业单位短期性工人的合同通常详细规定时限、任务和双方义务。自1986年中国用工制度改革后，所有新招用的工人一般都被视为合同工。合同工与固定工享有同等的权利，包括劳动权益、工作机会、民主参与和荣誉物质激励等，而这些权利主要通过劳动合同来保障。
与之相对的是，事业单位的聘用制和人事代理制。聘用制是通过合同确定人事关系的制度，员工的身份属性取决于与单位签订的聘用合同。而人事代理制则是人才服务机构代理人事管理与使用，雇主与被聘用人员仅受合同约束，与合同制工人的直接合同关系不同。
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