碱裂解法制备质粒DNA的过程中，溶液Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ各有其特定的职责：
溶液Ⅰ的关键作用是辅助细胞处理，其中葡萄糖确保悬浮的细菌不会沉淀，而EDTA作为金属离子螯合剂，主要任务是抑制DNase活性以保护DNA。RNaseA的添加则用于去除细胞中的RNA分子。
溶液Ⅱ为碱性处理溶液，NaOH用于溶解细胞膜并释放DNA。在此过程中，SDS与NaOH联用，SDS的阴离子表面活性剂性质有助于破坏细胞膜，但需注意控制时间，防止DNA过度断裂。操作时要轻柔，避免剧烈混匀造成DNA损伤。
溶液Ⅲ的主要任务是沉淀蛋白质和中和反应。醋酸钾的作用是替换SDS中的钠离子，形成不溶于水的PDS，这有助于将大部分蛋白质沉淀，同时醋酸用于中和碱性，确保DNA片段的稳定。75%酒精则用于清洗并抑制DNase活性，有利于后续步骤的纯化。
在实际操作中，应注意细节，如温和处理、适当温度的洗脱缓冲液、优化菌液用量等，以提高质粒DNA的纯度和提取效率。通过细心操作，可以有效减少蛋白质残留，得到纯净的质粒DNA。
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