医保卡的余额是否会清零，根据《深圳市社会医疗保险办法》的规定，答案是不会。该办法详细说明了参保人的权益。从2013年起实施的《深圳市社会医疗保险办法》（深府令第256号）第四十五条规定，参保人在办理参保手续并缴交保险费次月1日起，就能享受医疗保险待遇。每月20日前申报参保的，按当月计；20日后则按次月计。这意味着，只要持续缴纳，医保余额就不会因时间关系而清零。
该办法明确了社会医疗保险的多层次和多形式，包括设立的基本医疗保险和地方补充医疗保险，以及一档、二档、三档的不同缴费形式。所有用人单位、职工及个人都应按照规定参加。同时，深圳的医保制度遵循广覆盖、保基本等原则，保障水平与社会生产力发展水平相适应。
市社会保险行政部门负责医保管理工作，而市社会保险机构则具体执行。市相关部门在各自职责范围内也会参与相关工作。因此，对于医保卡余额，只要持续参保和缴费，余额就不会清零，为参保人的医疗保障提供连续性。
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