农村商业银行和农村信用合作联社虽然都属于农村金融体系的一部分，但它们在本质上存在显著差异。首先，从单位性质来看，农村商业银行是股份制商业银行，以市场化运营为主，而农村信用社则是农村合作金融机构，强调社区服务和社员共同所有制。
在入股对象上，农村商业银行的股东包括但不限于当地农民、工商户、企业法人和经济组织，体现了更广泛的经济参与；而农村信用社的股东仅限于社员，强调了社区成员的共同利益。设立条件上，农村商业银行要求注册资本金至少5000万元人民币，资本充足率需达到8%，且对设立前的资产规模、不良贷款比例等有严格规定；相比之下，农村信用社的注册资本门槛较低，为500万元人民币，但具体要求根据地方规定有所不同。
农村商业银行设立的要求更为严格，除了上述条件，还包括有符合规定的章程、发起人数量、高级管理人员的专业背景、组织机构健全、设施完备以及符合中国银行业监督管理委员会的其他条件。总的来说，两者在法律地位、经营方式和设立条件上存在显著区别，各自服务于不同类型的农村金融市场参与者。
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