农业银行卡在农村信用社的自动取款机上是可以进行取款操作的，但需要注意的是，这种取款可能会产生跨行手续费。具体的费用标准会根据取款地点（同城、省内、省外或境外）和银行类型有所不同。
例如，农业银行在同城和省内取款收取4元每笔的固定费用，而在省外则为交易额的1%（最低1元，无上限）加收2元每笔。其他银行如中国银行、建设银行等，跨行费用各不相同，有的按照交易金额的百分比加收，有的则直接收取固定金额加上手续费。具体如下：
中国银行：同城4元，省内9元，省外12元，境外15元。
建设银行：同城0.5%加2元，异地1%加2元。
交通银行：同城2元，异地0.8%加2元，最低10元，最高100元。
民生银行：同城免费，异地5元。
华夏银行：同城免费，异地2元。
浦发银行：境内异地取款5‰，最低3元，最高50元，境外15元。
深发展银行：每笔1%，最少10元。
广发银行：头三笔免费，之后每笔3元，境外15元。
兴业银行：同城免费，异地头三笔免费，之后2元每笔。
南京市商行：同城异地均免费。
部分地方银行如济宁银行和抚顺市商业银行，取款时可能会收取2元每笔的固定费用。
因此，在使用农业银行卡在农村信用社取款时，建议事先了解清楚自己的银行和取款地点的具体收费标准，以避免额外的费用。参考资料来源：百度百科-跨行取款费。
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