连锁店与加盟店之间存在着显著的区别。首先，从产权角度看，加盟连锁（特许连锁）是主体之间的合作关系，每个加盟店拥有资本，与总部没有资产关联，而直营连锁则是同一资本所有，总部直接运营所有分店。特许经营让总部能以较少资金扩大市场，而直营连锁发展受限于资金和人力资源。
在法律关系上，加盟连锁基于特许经营合同，双方明确权利义务，而直营连锁则通过内部管理制度调整。管理方式上，加盟连锁中，总部主要通过特许经营权转让，对加盟店的运营干涉有限，而直营连锁中，总部对分店拥有所有权，对经营决策有绝对控制权。
经营领域上，直营连锁主要集中在商业和服务业，而加盟连锁涉及范围更广泛，包括制造业、信息产业等。简单来说，自营连锁是由单一法人进行统一运营，而加盟连锁则是商标持有者授权他人使用品牌，分店经营，自负盈亏。
总的来说，连锁店包括加盟店，后者是总部通过许可模式让他人开设的分店，每个分店运营，而总部则提供品牌支持和指导，形成一种合作共赢的模式。而直营连锁则强调统一管理和控制，所有分店都直接归属于总部。
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