小鼠肠子要盥洗。小鼠肠道类器官可使用IntestiCult?类器官生长培养基（小鼠）（产品号#06005）进行构建并维持长期培养。在整个过程中，在操作肠段或者隐窝之前，应预先将移液管和移液头湿润，预防组织粘连到移液管壁上。为对细胞的破坏降至最低并确保最大限度地回收细胞，在室温条件下使用IntestiCult?类器官生长培养基（小鼠）培养基和温和细胞解离试剂（GCDR），用于清洁和洗涤过程的PBS和DMEM/F12则需保持冰冷。在处理肠道的过程中，应先清除肠系膜（连接肠道与腹壁的膜），然后才切割小肠。如果肠系膜未预先去除，在随后的洗涤步骤中肠段则难以沉降。将肠道切割为2mm的小段之后，为确保肠段干净，需要在PBS中冲洗15至20次。如果冲洗次数少于15次，则皱襞部分可能会残留一些有毒物质，对类器官的生长产生不利影响。在冲洗过程中需通过重力实现肠段的沉降。若使用离心分离可能会导致其他杂质沉淀，而导致隐窝收获率降低。
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