企业全面预算管理在提高企业经济效益等方面具有积极的作用，但同时也存在成本较高、管理复杂、决策可能受到约束等缺点。因此，在实施企业全面预算管理的时候，需要针对企业自身的情况作出合理的考虑，避免产生不必要的成本和管理难度，并注重预算管理的科学性、常态性和风险控制。
1、企业全面预算管理可以让企业财务、生产、销售、人力资源、市场营销等各部门对自己的预算进行统一规划和统筹管理，形成一个科学高效的预算体系。这样可以使企业决策更加理性、科学、规范，同时也可以避免各部门之间的决策冲突，促进部门间的协调和合作，提高工作效率。
2、企业全面预算管理可以让企业关注更多的外部因素，如市场需求、国家、竞争情况等。如果企业只关注财务层面的预算，往往会忽视市场变化，无法及时调整企业战略。而全面预算则能够较快地捕捉到市场变化，对企业的战略提供及时优化建议，帮助企业更好地适应市场变化。
3、企业全面预算管理可以让企业更好地利用各项资源，包括资金、人力、物资等。通过对全方位的预算管理，企业可以更加精细化地管理各项资源，发掘资源利用的潜力，从而提高资源利用的效率，节约企业成本，提升企业整体效益。
4、企业全面预算管理需要投入大量的人力、财力和物力，成本较高。尤其是需要建立完整的预算管理体系，还需要培训员工、引入新的技术和设备等，这些都需要一定的投资。对于一些中小企业而言，可能会面临资金问题，难以进行全面预算管理。
5、企业全面预算管理需要统筹规划各项预算，对各部门的预算进行协调，必须要有相应的管理人员负责。由于各部门之间的协调比较复杂，可能会出现一些不可预测的问题，这会增加预算管理的难度。同时，如果企业没有做好一些预算偏差的风险控制，可能会给企业带来损失。
6、企业全面预算管理需要各部门的预算协调，可能会对企业的决策产生一定的约束。各部门的预算规划和协调需要反复沟通和协商，在某些情况下可能会产生意见分歧，从而不能及时做出决策。这会对企业的灵活性和应对能力产生一定的影响，企业的快速反应和决策自主性。
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