扫描电镜样品要求有形貌形态，要耐高真空、样品表面不能含有有机油脂类污染物、样品要是干燥的、样品表面可以导电等等。
1、形貌形态，要耐高真空
扫描电镜是靠电子束扫描物体表面来成像的。空气的存在会使的电子束变型，影响扫描效果，所以被测样品比较能耐高真空。
2、样品表面不能含有有机油脂类污染物
油污在电子束作用下容易分解成碳氢化物，对真空环境造成很大污染。样品表面细节被碳氢化合物遮盖；碳氢化合物降低了成像信号产量；碳氢化合物吸附在电子束光路引起很大象散；碳氢化合物被吸附在探测器晶体表面，降低探测器效率。对低加速电压的电子束干扰严重。
3、样品要是干燥的
水蒸气会加速电子阴极材料的挥发，从而很大降低灯丝寿命；水蒸气会散射电子束，增加电子束能量分散，从而增加大的色差，降低分辨能力。
4、样品表面可以导电
样品表面要可以导电，如果不能导电，则要镀金以增加导电性。在大多数情况下，初级电子束电荷数量都大于背散射电子和二次电子数量之和，因此多余的电子要导入地下，即样品表面电位要保持在0电位。
样品的初步处理方法：
1、取材
扫描电镜来说，样品可以稍大些，面积可达8mm×8mm，厚度可达5mm。对于扫描电镜易卷曲的样品如血管、胃肠道粘膜等，可固定在滤纸或卡片纸上，以充分暴露待观察的组织表面。
2、样品的清洗
用扫描电镜观察的部位常常是样品的表面，即组织的游离面。由于样品取自活体组织，其表面常有血液、组织液或粘液附着，这会遮盖样品的表面结构，影响观察。因此，在样品固定之前，要将这些附着物清洗干净。
3、固定
固定所用的试剂和透射电镜样品制备相同，常用戊二醛及锇酸双固定。由于样品体积较大，固定时间应适当延长。也可用快速冷冻固定。
4、脱水
样品经漂洗后用逐级增高浓度的酒精或丙酮脱水，然后进入中间液，一般用醋酸异戊酯作中间液。
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