如果党员档案中缺少部分材料，村支部可以采取以下措施进行解释：
1. 调查核实：村支部可以通过派人前往其入党地调查或函调等形式，核实其党员身份的真实性。
2. 说明情况：如果发现党员档案中缺少《入党志愿书》等材料，村支部可以向该党员说明情况，要求其补充相关材料。
3. 补办手续：如果缺少的材料无法补充，村支部可以为其补办相关手续，例如在志愿书中备注情况等。
4. 报请上级党组织处理：如果发现该党员身份不真实或者存在欺骗行为，村支部可以向上级党组织报请处理，例如取消其党员资格等。
总之，村支部应该根据具体情况，采取合适的措施来解决问题，确保党员档案的完整性和准确性。
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