新车挂完牌，车的合格证会留存在车管所保管。
新车挂牌，也就是进行机动车注册登记时，提交的材料处理：
1、《机动车注册、转移、注销登记/转入申请表》原件；
2、机动车所有人身份证明复印件；
3、机动车的来历证明原件或者复印件。其中，全国统一的机动车销售、《协助执行通知书》和国家机关、企业、事业单位或者社会团体出具的调拨证明应当是原件；
4、车辆购置税的完税证明或者免税凭证副联原件；
5、机动车交通事故责任强制保险凭证第三联原件。原件丢失的，收存其他任一联复印件并加盖保险公司印章，或者经登记审核岗签注“与原件一致”的其他任一联复印件；
6、车船税纳税或者免税证明复印件。其中，在机动车交通事故责任强制保险凭证上签注已纳税信息的，收存机动车交通事故责任强制保险凭证原件；属于按照《车船税法》规定予以免征车船税的，不收存车船税纳税或者免税证明；
7、属于国产机动车的，收存合格证原件。其中，属于使用底盘改装机动车的，还应当收存底盘合格证原件；
8、属于进口机动车或者使用进口汽车底盘改装的机动车，收存进口凭证原件。其中，挂车、半挂车、轮式专用机械收存进口凭证原件或者复印件。通过全国进口机动车计算机核查系统比对的，收存《全国进口机动车计算机核查系统核对无误证明书》。
通过发证机关查询的，收存发证机关出具的鉴定证明或者传真查询证明原件；
9、属于警车的，收存《警车号牌审批表》原件；
10、属于救护车、消防车、工程救险车的，收存车辆使用性质证明原件；
11、属于加装肢体残疾人操纵辅助装置的，收存操纵辅助装置加装合格证明复印；
12、机动车查验记录表原件；
13、法律、行规规定应当在机动车登记时提交的其他证明、凭证的原件或者复印件。
扩展资料
车辆合格证使用事项：已完税车辆重新办理纳税申报需要使用车辆合格证信息。
依据合格证电子信息办理车购税纳税申报的，合格证电子信息不能重复使用。已完税车辆因异地办理登记注册或多缴税款申请退税等原因，需使用合格证电子信息重新办理车购税纳税申报的，受理纳税人纳税申报的税务机关可通过车购税征管系统向税务总局提交合格证电子信息重复使用申请。
合格证电子信息数据恢复后，税务机关依据合格证电子信息办理相关业务。纳税人重新办理车购税纳税申报时，因车辆已登记注册，无法提供车辆合格证原件的，税务机关可通过扫描原车购税征管档案中车辆合格证复印件二维码，获取车辆信息。
参考资料来源：衡山县-机动车注册登记
参考资料来源：丰县国税局-国家税务总局关于在车辆购置税征收管理工作中应用车辆合格证电子信息有关问题的通知
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