一、细菌性烂尾、烂鳍症
由细菌引起的烂尾、烂鳍症传染性极高，从鳍条开始，继而身体腐烂至死。这种烂鳍症有两种病征，第一种由鳍边开始腐烂，再向内伸展，第二种由鳍部分开始，向四面八方蔓延。患处变白色，最后脱落。金鱼运送或产卵后身体抵抗力会减弱，此时最易感染此疾病。病鱼一经发现，必须立即隔离，施以抗生素或叮啶黄等药剂来治疗病鱼。烂鳍症的病征出现较慢时，治疗法是更换部分缸水，清洗过滤器和添加少许食盐入缸内，并停止喂食数天。食盐疗法的作用是增加水的比重，改变水中的渗透压，透过渗透作用的变化来杀死细菌和其他的病原体。也可直接使用市售的Sera治细菌治生虫剂、美利坚灭菌灵、女王鲸专治金鱼疾病剂、女王鲸治细菌剂及AZ00治细菌剂来治疗。
二、细菌性鳃病
感染细菌性鳃病的金鱼，最初的病征是食欲不振，常停在水面下，且呼吸急促，若是揭起鳃盖后缘，会见到呈白色的残缺锶丝。尤其在拥挤的鱼缸中，当水质变坏时，金鱼最易感染此症，且传染性很高，因此须隔离病鱼。治疗此病的方法及药剂和细菌性烂尾、烂鳍症相同，但需加盐到水中（每一百公升水量加两公克食盐），以减少金鱼体液由腐烂的锶丝流失到鱼体外，导致金鱼脱水而死。真菌也会引致烂鳃，因此要改善水质，这样才可控制病情。过滤器能清除悬浮微粒，防止细菌及真菌滋长，保持缸水清洁，因此加强过滤系统能够防止鳃病的发生。
三、立鳞病
在水族箱内，常可发现金鱼因罹病而导致鳞片突出并脱落。大部分病鱼的鳞片几乎会全部立起来，仅有少数的病鱼出现部分立鳞现象，如果磨擦病鱼的体表，原已松动的鳞片就会纷纷脱落。引起此病的病原体目前尚不清楚，但多在冬季和夏季水温低时发生。此病的死亡率很高，若是及早发现，施以抗生素治疗，如美利坚灭菌灵及AZ00治细菌剂也可治愈病鱼。此病无传染性，但照顾病鱼却是相当麻烦。
四、红点病
病鱼的体侧及腹部均会出现明显的红斑点，此为其最大的特征。倘若水中细菌大量增加，金鱼皮肤会受到破坏，因而充满血液，此时应立即更换缸水，便可不药而愈。严重的病鱼则需隔离，施以抗生素治疗。
五、徵菌性疾病
金鱼是变温动物，体温是随着水温而改变。当冬季水温降低，鱼体抵抗力亦随之减弱，因此受徵菌感染的情形很普遍。患病的金鱼身体会长出白色棉花状物体，尤其是头上的肉瘤最易受感染。应尽量保持缸水清洁，用甲烯蓝染液涂抹患处可加快痊愈，也可施孔雀绿溶液治疗法，把病鱼浸泡于一百公升水含0.2公克的药物溶液中，直至其痊愈为止，亦可直接用Sera治徵菌治生虫剂、女王鲸治徵菌剂、AZ00治徵菌剂治疗。
六、白点病
这种病是由原生动物所引起，病原体名为白点虫，它会深入皮肤的细胞，进行无性繁殖，形成白色的小点状胞囊。患有此病的金鱼全身满布白点，每个白点胞囊内含有许多幼小白点虫，白点虫吸取鱼体组织的营养而长大并增加数目，后来破囊而出，游到水中，再返回鱼体上侵袭皮肤，形成更多的小白点。在患病初期，病鱼会用身体磨擦硬物，希望藉此清除身上讨厌的病原体，若不立刻治疗，病鱼身体会迅速受严重破坏而死亡。当白点虫侵入鱼体后，药物治疗不能奏效，只有当小白点虫在鱼体繁殖后，新个体游到水中，药剂才能杀死它们。治疗法为使用百分之0.01浓度的孔雀绿溶液，把病鱼浸泡多天，直至小白点完全消失，孔雀绿溶液的毒性很强，不可使用过量，否则金鱼亦会被毒死，或使用市售的Sera治白点剂、美利坚立灭白点、女王鲸治白点剂、AZ00治外寄生虫剂治疗。
白点病物理治疗方法，使用药物治疗金鱼白点病新手不易掌握，且治疗效果不佳。推荐物理治理方法一则，根据白点病原虫耐受水温30摄氏度的特点，使用加温器将水温非常缓慢的逐步加热到35摄氏度，并保持3天，之后逐步回复正常水温并调换新水，一周类白点原虫全部脱离。该方法简单易操作，副作用小，治理效果非常好。
七、鱼虱病
鱼虱病：鱼虱是一种寄生性的甲壳类动物，大部分时间寄生在金鱼身体上，只有幼虫和成虫产卵期才到水中流动。鱼虱腹面处有两个吸盘，用来吸附在金鱼身体上。口部呈针状，用来刺进鱼体，吸取血液，使患处出血变红，因而易受细菌感染。除非金鱼受大量的鱼虱侵袭，否则不易因此病而死亡。有机磷的杀虫齐是鱼虱的特效药，但对金鱼也有害处，最好的方法是用尖钳子把鱼虱逐一除去，或用Sera鱼池治生虫剂、美利坚治生虫剂、美利坚去吸虫特效锭、女王鲸治寄生虫剂、AZ00治外寄生虫剂治疗。
八、吸虫性疾病
侵袭金鱼皮肤、锶和其它器官的吸虫有很多种，较普通的有皮肤性吸虫和锶吸虫两种。当金鱼受上述吸虫侵袭，身体会痉挛，食欲降低，游动呆滞。鳃部若受严重感染，金鱼会因不能吸取氧气而窒息。成鱼和幼鱼的治疗法有异，成鱼可放进稀福马林溶液三十分钟，幼鱼以浓食盐溶液代替福马林溶液，寄生吸虫即会被杀死或受刺激而脱离鱼体，或以市售Sera治徵菌性治生虫剂、美利坚治生虫剂及去吸虫特效锭、女王鲸治寄生虫剂、AZ00治外寄生虫剂治疗。
九、缺氧病
金鱼是吸取水澡溶氧来呼吸生存的，每一公升水应有五毫克溶氧量，不然金鱼会因吸不到充足氧气而窒息，轻微的缺氧会造成浮头，金鱼浮到水面上呼吸，所以应用打气泵打气入水中，以确保金鱼得到充足的氧气。
十、鱼鳔病
罹患此病的金鱼无法维持其躯体的平衡，有时会有倒栽葱似的翻跟斗，最后不是沉在水底，就是浮在水面上。短身腹部肥大的金鱼最常患此病，病鱼也有正常食欲，能生存很长时间，但失去观赏价值。这种病无法治疗，防治的方法就是水温不宜急剧升降。
十一、金鱼水霉病
水霉病(Saprolegniasis)常感染体表受伤组织及死卵，形成灰白色如棉絮状的覆盖物，又称覆棉病或水棉病。又称肤霉病或白毛病，是水生鱼类的真菌病之一，引起这种病的病原体在到目前已经发现有十多种，其中最常见的是水霉和绵霉。该病是由真菌寄生鱼体表引起，主要是真菌门藻状菌纲水霉目水霉科的水霉属和绵霉属。
水霉菌广存于世界各地的淡水或半咸水水域及潮湿土壤中，于死亡的有机物上腐生，为一种常在的霉菌，主要有水霉目(Saprolegniales)、霜霉目(peronosporales)及水节霉目(Leptomitales)等，又以水霉菌(Saprolegnia)最为常见，于10~15℃时最适合生长，25℃以上时各中的游孢子(zoospore)繁殖力减弱，较不易感染，于鳟鱼几乎全年皆可发生。
水霉病的发生主要因为紧迫造成的二次性感染，鱼只因拥挤、移动或其他不良环境因素的影响，造成体表组织受伤，水中的水霉病游孢子即伺机附着，于坏死组织上开始发芽形成菌丝，菌丝除寄生于坏死组织外，尚可漫延侵入附近的正常组织，分泌消化酵素分解周围组织，更而贯穿真皮深入肌肉，使皮肤与肌肉坏死崩解。表层的菌丝则向外延伸，形成如棉絮状的覆盖物，并於末端形成孢子囊，放出游孢子到水中，经由水而传播各处。
症状：
1、感染部位形成灰白色棉絮状覆盖物。
2、病变部位初期呈圆形，后期则呈不规则的斑块，严重时皮肤破损肌肉裸露。
、鳃组织亦会被侵犯感染，造成死亡。

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