1．选择抗病品种，施用生物有机肥，合理负载，科学修剪，增强树体的抗逆性。连年重施有机肥，重视施用生物肥，减少化肥使用量。
2．细致清洁果园，铲除菌源。果农每年冬季需要刮树老翘皮，对枯枝落叶深埋或烧毁处理。萌芽前对全园采用石硫合剂清园，减少病原菌的初侵染源和害虫的越冬基数。生长期更是经常摘除病叶病果，人工消灭害虫，防止有机果树病虫害的扩展和蔓延。防治腐烂病的方法还是传统的手法，即“刮刮皮，抹抹泥，包包塑料纸”的简单技术。
3．迷向法控制害虫，大多数苹果园的苹果树冠上不时见到红色、白色或绿色的复合PVC扎丝，这是有害昆虫性引诱剂。利用一些鳞翅目害虫的雌成虫性成熟时释放的性激素招引雄成虫的机理，通过安置众多的性引诱剂释放的扰乱昆虫的交配信息，减少其交配和繁殖的机会，从而大大降低了害虫的繁衍。
4．果实套袋。采用有袋栽培技术，可以大大降低有机果树病虫害，果实外观细腻，内在品质也明显提高。
5．充分利用天敌，消灭害虫。有机栽培果园的农药使用量很少，再加上重施有机肥和地面生草，这些都给许多有益鸟兽和昆虫提供了良好的栖息环境，从而有效地控制了害虫的发生。
6．利用架设防虫网，使用粘着剂，以及树干涂白等，一些果园还采用了先进的物理光学、电磁防鸟防鼠防兽设置。这些物理的防治方法，大大抑制了有机果树中的病虫害和有害生物的滋生和危害。
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