食品流通许可证在食品药品监督管理局办理。2015年11月10日食品流通许可证已经被废止，取而代之的是食品经营许可证，其证件也是在食品药品监督管理局办理。
根据《食品经营许可管理办法》第六条国家食品药品监督管理总局负责监督指导全国食品经营许可管理工作。县级以上地方食品药品监督管理部门负责本行政区域内的食品经营许可管理工作。省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门可以根据食品类别和食品安全风险状况，确定市、县级食品药品监督管理部门的食品经营许可管理权限。
扩展资料：
《食品经营许可管理办法》第十二条申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：
（一）食品经营许可申请书；
（二）营业执照或者其他主体资格证明文件复印件；
（三）与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；
（四）食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。
利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料。申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。
参考资料来源：驻马店药监局——食品经营许可管理办法
参考资料来源：百度百科——食品流通许可证
