农村不动产权证书应当在市、县不动产登记服务中心办理。
因为根据《不动产登记暂行条例实施细则》第二十五条规定：市、县可以根据情况对本行政区域内未登记的不动产，组织开展集体土地所有权、宅基地使用权、集体建设用地使用权、土地承包经营权的首次登记。
依照前款规定办理首次登记所需的权属来源、调查等登记材料，由有关部门组织获取。所以在办理不动产权证书，应当也在市、县不动产登记服务中心办理。
扩展资料：
以农村房屋所有权首次登记为例需要提交的材料有：
按照《不动产登记暂行条例实施细则》第四十一条规定，申请宅基地使用权及房屋所有权首次登记的，应当根据不同情况，提交下列材料：
（一）申请人身份证和户口簿；
（二）不动产权属证书或者有批准权的批准用地的文件等权属来源材料；
（三）房屋符合规划或者建设的相关材料；
（四）权籍调查表、宗地图、房屋平面图以及宗地界址点坐标等有关不动产界址、面积等材料；
（五）其他必要材料。
参考资料来源：百度百科-不动产登记暂行条例实施细则
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