过氧化物酶在植物体内的主要作用是参与光呼吸作用，将光合作用的副产物乙醇酸氧化为乙醛酸和过氧化氢；
在萌发的种子中，进行脂肪的β-氧化，产生乙酰辅酶A，经乙醛酸循环，由异柠檬酸裂解为乙醛酸和琥珀酸，加入三羧酸循环，因涉及乙醛酸循环，又称乙醛酸循环体（glyoxysome）。
过氧化物酶体可能是一种古老的细胞器，在光合生物出现后，大气中的氧元素含量逐渐提高，而细胞内的氧对早期的生物具有毒害作用，过氧化物酶体的功能就是消除细胞内的氧元素，并产生细胞所需要的某些代谢物。
虽然在过氧化物酶体中黄素蛋白、氧化酶和过氧化氢酶之间可以形成一个简单呼吸链，但是不起能量转换的作用。后来线粒体产生后就取代了过氧化物酶体的这种功能，并且其电子传递与ATP合成相偶联。
参考资料来源：百度百科-过氧化物酶
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