从法律意义而言，它们最主要的一个区别在于是否具有行政主体的地位。组成部门没有的行政主体地位（除非有法律,法规的授权.）直属机构有着的行政主体资格.
中华人民共和国组织法
第各部、各委员会的设立、撤销或者合并，经总理提出，由全国人民代表大会决定；在全国人民代表大会闭会期间，由全国人民代表大会常务委员会决定。第九条各部设一人，副二至四人。各委员会设主任一人，副主任二至四人，委员五至十人。
各部、各委员会实行、主任负责制。各部、各委员会主任领导本部门的工作，召集和主持部务会议或者委员会会议、委务会议，签署上报的重要请示、报告和下达的命令、指示。副、副主任协助、主任工作。
第十条各部、各委员会工作中的方针、、计划和重大行政措施，应向请示报告，由决定。根据法律和的决定，主管部、委员会可以在本部门的权限内发布命令、指示和规章。
第十一条可以根据工作需要和精简的原则，设立若干直属机构主管各项专门业务，设立若干办事机构协助总理办理专门事项。每个机构设负责人二至五人。
行政机构设置和编制管理条例
第六条行政机构根据职能分为、组成部门、直属机构、办事机构、组成部门管理的国家行政机构和议事协调机构。协助领导处理日常工作。
组成部门依法分别履行基本的行政管理职能。组成部门包括各部、各委员会、中国人民银行和审计署。
直属机构主管的某项专门业务，具有的行政管理职能。
也就是说，组成部门管的是的基本事务，也就是国家的基本职能，比如说外交、国防、教育等等，而直属机构是根据工作需要设立的，管理一些专门的业务。
另外，组织法第二条由总理、副总理、国务委员、各部、各委员会主任、审计长、秘书长组成。
组成部门的老大是组成人员，而直属机构的老大就不是，直属机构的法律地位低于各部委，其负责人也不是的组成人员，他们的任免由自行决定。
参考资料
华律网.华律网[引用时间2018-5-4]
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