原因大致有以下几点：
1.与捕食有关
美国伍兹霍尔海洋研究所的科学家发现，许多搁浅致死的抹香鲸的骨骼都出现了骨头坏死现象。科学家认为，这可能是由于它们浮上海面的过程过快。抹香鲸能潜到水下3200多米深的地方捕食。如果它们突然迅速浮上浅海，体液中的氮气就会涌出形成气泡。如果气泡纠结在组织中压迫神经，就会阻塞毛细血管，导致其肌肉缺氧。抹香鲸“自杀”很可能是他们觅食时升水过急而付出的代价。
2.中了轮船的毒
日本学者岩田久人在搁浅致死的动物尸体中检测到了高浓度的三丁基锡、三苯基锡等有机锡毒物。这些毒物来自于航海公司每年在船底涂刷的涂料。他认为，鲸鱼或海豚喜欢沿着船舶航线游戏追闹，它们的神经系统和内脏首当其冲受到溶于水中的有机锡涂料的毒害，辨别方向的功能遭摧毁，从而搁浅身亡。
3.太阳活动干扰鲸鱼定位
阿根廷学者对发生于1997年马尔维纳斯群岛海岸约300头鲸鱼集体自杀事件分析后认为，当时太阳黑子的强烈活动引起了地磁场异常，发生了“地磁暴”，这破坏了正在洄游的鲸鱼的回波定位系统，令其犯下“方向性”的错误。
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