苍蝇会排便，，其习惯是边吃、边吐、边拉。有人作过观察，在食物较丰富的情况下，苍蝇每分钟要排便4～5次。
苍蝇在吃食的同时也会吃进对自己不利的细菌，因此“边吃边吐”的方法有助于迅速排除细菌。苍蝇从进食处理、吸收养份一直到将废物排出体外，只须7～11秒。
遇上具有快速繁殖能力的细菌时，苍蝇的免疫系统就会发射球蛋白，一旦与细菌接触，就会发生“爆炸”，与细菌“同归于尽”。这两种球蛋白的发射总是一前一后，成双成对，从不错乱。
苍蝇的活动受温度影响很大。它在4～7℃时仅能爬行，10～15℃时可以飞翔，20℃以上才能摄食、交配、产卵，30～35℃时尤其活跃，35～40℃因过热而停止活动，45～47℃时致死。
苍蝇的越冬方式颇为复杂。既能以蛹态越冬，也能以蝇蛆、成虫方式越冬。在北方寒带、温带地区，自然界看不到活动态的家蝇，但在人工取暖的室内仍有成蝇活动，蔬菜大棚温室往往成为翌年春暖时苍蝇大量孳生的发源地。
在江南和部分华北地区，冬季平均温度在0℃以下，苍蝇能够巧妙地以蛹态越冬，少数地区也能发现蛰伏的雌蝇和被畜禽粪覆盖的蝇蛆。在
华南亚热带地区，平均气温在5℃以上，苍蝇不存在休眠状态，可以继续繁殖。
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