学术类的论文一般是用知网进行查重，知网是提交word或PDF原文档，对论文的格式是可以识别的，如果论文的脚注尾注是按照标准的格式注入，系统是可以识别并在报告列出来，这部分内容是不会计入正文重复率内，但是如果格式有问题，系统识别不出来是脚注尾注，就会当成正文查，此时重复率就会计算到总文字的复制比中。
其情况是要分查重平台来看，查重软件有知网、万方、paperrater和维普等，一般情况下的学术类论文都是用知网来查重的，以下是以知网来说的。
1、知网查重的方式和其他查重系统是不一样的，知网查重是提交word或者是pdf源文档，意思就是说对论文的格式是可以识别法，如果论文的脚注是按照标准的格式引用的，系统是可以识别到然后在报告里列出来，这个部分的内容是不会计算到正文里面的重复率，但如果格式有问题系统识别不出来的是脚注尾注就会被当成正文查重，重复率就会倍计算到总文字的复制比。
2、无论学术期刊论文还是毕业论文都会有脚注，一般若提交的论文是word版本，且脚注的标注是根据学校要求的格式来进行标注的，在90%的情况下，知网都可以正确的识别出脚注，而且不会被当作论文的正文而被标红。一般脚注的标注位置是比较关键的，要加在标点符号的前面，无论是句话还是引号，其脚注都要加在标点符号的前面，那么这部分内容就不会被标红或者标黄，注意仅供参考。
3、若提交的论文是pdf格式，那对于大部分pdf文件的脚注来看，有部分知网都不能正确的进行识别，而且还会把脚注的内容当成正文的内容来进行查重而会被标红。但随着知网对pdf文件的识别能力逐渐增强，在以后知网查重系统也可以对pdf的脚注内容进行识别，为了杜绝脚注被标红的不合理现象。
二、论文查重脚注怎么不算重复率
首先我们要明白在查重检测系统中，不是只要作者把论文的相关部分加上脚注就可以自动识别为引用部分。
1、知网查重报告是为了将论文的原文与知网数据库当中已收录的论文来形成比对，若论文原文与知网数据库当中的论文十分的相似，而且这部分没有被标注为引用部分，或者说没有在论文当中加上脚注，那么这部分就会被识别为重复部分。若这部分要是加上了脚注，而知网的数据库中并没有对应的文献，那么也是无效的脚注，加上的脚注也是假的。本该是用的某个学者的论文，但标注却成了别的学者的名称，这样的话，知网就无法把该部分识别为引用部分。
2、如今知网主要是对word的格式来进行查重，要是提交的是PDF文档或者是其他的格式，那么论文的识别率就会相对较低，所以建议在知网论文查重提交之前，要先了解自己的学校是用那种论文查重系统，先确定系统要求提交的格式，再使用第三方论文检测平台，比如PaperFree论文查重系统，可以提前进行论文查重，这样才可以明确自己所标注的脚注部分，究竟会不会被识别为引用部分。
3、最后，还要了解脚注的位置也很重要的，要是把脚注加在符号的中间，那么被识别为引用部分的概率就会大幅度提高，一般可以达到90%以上。
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